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单细胞测序巧合精确揭示组织里面的细胞异质性特征天元证券官网-线上配资平台_全国十大线上配资平台，却缺憾丢失了关节的空间位置信息；而空间转录组时期（如Nanostring GeoMx DSP等主流时期）虽能无缺保留细胞的空间定位，却存在检测消散度与测序深度不及的短板。
将单细胞测序与空间转录组时期强强颐养，可兑现单细胞分辨率下组织细胞空间散播的精确重建，同期深度解析细胞间的通信调控机制，为发育生物学、组织稳态保管及疾病发生发展等规模的商量，提供极具冲突性的时期支握与数据依据。
⭐决策一：单细胞测序赋能空间转录组反卷积分析⭐
先借助单细胞测序时期，无偏性获取主见组织中通盘细胞类型的全景图谱；再以此为精确参照，对空间转录组数据中每个拿获位点的复杂细胞组成进行拆解分析。
该决策适配绝大多数探索性科研场景，尤其适用于组织细胞图谱构建、疾病微环境异质性解析等中枢商量标的。
1、样本狡计伸开剩余91%样本考取与分组需严格遵守科学性、合感性、代表性三大中枢原则，分组逻辑需风雅锚定中枢科知识题，确保每组样本均能精确支握商量假定。可依据疾病分期、组织区域差别、处理条目相反等关节变量，制定相反化分组决策。
1.1 单细胞测序样本狡计
确立不少于 3 个孤独生物学重迭，以此有用逃匿个体遗传相反、践诺批次效应等插手成分，保险测序数据的可靠性与可重迭性。
1.2 空间转录组样本狡计
空间转录组样本需与单细胞测序样底本源于团结供体，优先考取同组织块或相邻剖解区域的样本进行检测。此举可最猛进程保险细胞亚群与空间位置的精确对应，为后续数据整合分析与反卷积筹办筑牢样本基础。
2、关梦想路
3、中枢分析点
4、部分分析图
5、文件案例展示
👇商量题目
Spatiotemporal single-cell roadmap of human skin wound healing（单细胞与空间转录组颐养揭示慢性皮肤溃疡病理特征与FOSL1调控作用）
👇中枢发现
通过单细胞与空间转录组颐养时期，系统揭示慢性皮肤溃疡的病理特征，明确 FOSL1 基因的关节调控作用。
👇发表信息
发表期刊：Cell Stem Cell 影响因子：20.4
👇践诺狡计
单细胞转录组层面：考取 3 名健康供体，相聚团结部位伤后 1 天、7 天、30 天的伤黑白落组织，按炎症期、增殖期、重塑期分组；同期纳入 4 例静脉溃疡（VU）样本、11 例糖尿病足溃疡（DFU）样本，全面消散健康愈合与慢性溃疡两种景色。空间转录组层面：考取 4 名供体同时期点的伤口组织样本，聚焦伤黑白落区域开展空间域分析，精确匹配单细胞数据的时刻维度特征。
👇主要效果
单细胞转录组分析见效识别出 27 类细胞及亚群，明确 FOSL1 可调控角质酿成细胞迁徙，同期揭示巨噬细胞与成纤维细胞通过 “勤勉合作” 支握皮肤再上皮化的中枢计制； 空间转录组数据差别出 17 个私有的空间域，了了呈现不同细胞亚群在伤口组织中的空间散播划定； 两组学时期颐养构建完成东谈主类皮肤伤口愈合的时空图谱，借助反卷积分析兑现细胞类型的精确空间定位； 针对慢性溃疡样本的分析，发现 FOSL1⁺细胞缺失等关节病理特征，深刻关联细胞间通信形态与空间微环境相等的内在机制。⭐决策二：先辨细胞身份，再析空间功能⭐先通过单细胞测序精确界说关节细胞亚群的分子特征，再借助空间转录组时期锁定其在组织中的空间坐标，进一步整合多组学数据深度挖掘细胞功能。
该决策兑现 “细胞是谁→细胞在哪→细胞在作念什么” 的无缺科知识题闭环，可等闲运用于肿瘤微环境解析、炎症反馈调控、组织发育机制等前沿商量规模。
1、样本狡计
1.1 单细胞测序样本狡计：确立不少于 3 个孤独生物学重迭，有用逃匿个体遗传相反与践诺批次效应的插手，确保测序数据的可靠性与重迭性。
1.2 空间转录组样本狡计：样本需与单细胞测序样底本源于团结供体，优先考取同组织块或相邻剖解区域的样本开展践诺。此举可保险主见细胞亚群与空间位置的精确匹配，为后续主见细胞亚群的空间定位及微环境互作机制解析筑牢样本基础。
2、关梦想路3、中枢分析点
4、部分分析图
5、文件案例展示👇商量题目
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma（单细胞与空间转录组颐养解析cSCC的组成与空间结构）
👇中枢发现
借助单细胞与空间转录组颐养时期，系统解析东谈主皮肤鳞状细胞癌（cSCC）的细胞组成特征与空间架构，锁定肿瘤特异性细胞亚群及关节调控靶点，为临床休养提供新标的。
👇发表信息
发表期刊：Cell 影响因子：38.6（2020 年）
👇践诺狡计
单细胞转录组：纳入 10 例东谈主皮肤鳞状细胞癌（cSCC）患者，同步相聚肿瘤组织，以及与患者、部位匹配的平日皮肤组织四肢对照，全面拿获肿瘤与平日景色下的细胞异质性。空间转录组：考取部分患者的肿瘤样本开展分析，涵盖 6 例极新冷冻样本与 6 例 FFPE 样本，兼顾不雷同本类型的检测需求，精确匹配单细胞数据的空间维度信息。
👇主要效果
单细胞转录组分析见效识别出 cSCC 中的 4 类角质酿成细胞（KC）亚群：其中 3 类重现平日表皮 “基底型”“增殖型”“分化型” 的经典景色，1 类为肿瘤特异性 TSK 亚群；该 TSK 亚群高抒发 MMP10、PTHLH 等特征基因，功能富集于上皮 - 间质更动（EMT）、细胞迁徙及细胞外基质（ECM）见识等肿瘤发达磋磨通路。同期，还解析出耗竭型 CD8⁺T 细胞、调动性 T 细胞（Treg）、癌磋磨成纤维细胞（CAF）、内皮细胞等关节细胞亚群，无缺构建 cSCC 的单细胞全景图谱。 通过 sc-TSK 评分精确定位 TSK 亚群的空间散播，发现其主要富集于肿瘤前沿区域，且临近区域结合多半 CAF 与内皮细胞，共同酿成纤维血管微环境；进一步分析裸露，肿瘤前沿区域还富集 Treg 与耗竭型 CD8⁺T 细胞，明确了 cSCC 免疫扼制微环境的中枢空间特征。 多离子束成像（MIBI）时期考据了 TSK 亚群与 Treg、CD8⁺T 细胞的空间共定位联系；CRISPR 功能筛选发现，TSK 亚群高抒发的 ITGB1、FERMT1、CD151 基因是肿瘤助长的必需基因，敲除后可显耀扼制肿瘤增殖；结合 TCGA 数据库分析证明，TSK 特征基因高抒发与 PD-1 扼制剂休养预后不良密切磋磨，为 cSCC 的靶向休养与免疫休养优化提供了关节靶点。⭐回顾⭐单细胞测序与空间转录组的两类联用想路，精确弥补了各自的中枢时期局限，酿成 “身份界说 + 空间定位” 的商量闭环。决策一聚焦 “定量解析细胞组成”，以单细胞测序得回的细胞全景图谱为参照，通过反卷积时期助力空间转录组精确拆解每个拿获点（spot）的复杂细胞组成；决策二则侧重 “定性跟踪主见细胞功能”，先借助单细胞测序锁定关节主见细胞亚群，再通过空间转录组时期追忆其在组织中的空间坐标及周边微环境，明确其功能作用机制。
不管选拔哪种联用决策，中枢逻辑均为 “单细胞测序界说细胞身份 + 空间转录组明确细胞位置”，最终围绕 “细胞在哪、在作念什么” 的中枢科知识题伸开深度解析，为肿瘤微环境解析、组织发育机制探索等前沿商量，提供更全面、更精确的科学谜底。
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